Sorry, you need to enable JavaScript to visit this website.

Databáze TOXCENTER – úvaha o využití duplicitních či zdrojových záznamů

Čas nutný k přečtení
19 minut
Již přečteno

Databáze TOXCENTER – úvaha o využití duplicitních či zdrojových záznamů

0 comments

Jednou z databází, které nabízí Chemical Abstracts Service v databázové síti STN International je TOXCENTER. Hlavním zaměřením jsou farmakologické, biochemické, fyziologické a toxikologické účinky chemických látek, včetně léčiv. Zdrojem jsou relevantní záznamy ze čtyř databází, které tvoří její podsoubory (file segments), a to BIOSIS (od roku 1969), CAplus (od roku 1907), IPA (od roku 1970) a MEDLINE (od roku 1953).

Je to při daném zaměření zajímavý informační zdroj, ale pokud je některý článek zpracován ve více databázích uvedené čtyřky, je násobně zařazen i do databáze TOXCENTER. Staré rešeršní pravidlo říká, že každý další nezávislý informační zdroj obvykle přidá další kamínek do informační mozaiky a že v některých případech může být i duplicita přínosná. V případě látek farmaceutické povahy je to ale tentokrát sporné – zvláště když například v síti STN International za stejný článek také násobně zaplatíme (při přístupu formou pay-as-you-go). K posouzení přidané hodnoty násobného výskytu přikládáme ukázky jednotlivých záznamů.

Jako příklad byl vybrán článek autorky M. Neřoldové z časopisu Pharmacogenomics. Nebyl to náhodný výběr, jednalo se o článek důležitý z hlediska hlášení nežádoucích účinků v systému farmakovigilance. Článek byl uveřejněn v srpnovém čísle roku 2016 daného časopisu. Již v názvu článku a také v autorském abstraktu je uveden hlavní předmět publikace, tedy myopatie (svalová slabost) spojená s užíváním statinů. V názvu ani v abstraktu se ale neuvádí, o jaké konkrétní statiny se jedná. Toto upřesnění je až v samotném textu článku, popisujícím výsledky sledování 88 pacientů, včetně vzácného výskytu problému u čtyř z nich. Cílem tohoto sdělení není posuzování významnosti jednotlivých statinů, ale úplnost a operativnost zpracování v dostupných databázích.

Časový odstup více než roku a půl od uveřejnění článku je možno považovat za dostatečný k tomu, aby výskyt v jednotlivých informačních zdrojích byl již úplný.

Záznam TOXCENTER (COPYRIGHT 2017 ACS on STN), file segment BIOSIS:

L4   ANSWER 1 OF 3  TOXCENTER COPYRIGHT 2017 ACS on STN 
AN   2016:472757  TOXCENTER  Full-text
CP   Copyright (c) 2017 The Thomson Corporation
DN   PREV201600774531 
TI   Rare variants in known and novel candidate genes predisposing to
     statin-associated myopathy
AU   Neroldova, Magdalena [Reprint Author]; Stranecky, Viktor; Hodanova,
     Katerina; Hartmannova, Hana; Piherova, Lenka; Pristoupilova, Anna;
     Mrazova, Lenka; Vrablik, Michal; Adamkova, Vera; Hubacek, Jaroslav A.;
     Jirsa, Milan; Kmoch, Stanislav
CS   Inst Clin and Expt Med, Lab Expt Hepatol, Ctr Med Expt, Prague, Czech
     Republic 
SO   Pharmacogenomics, (AUG 2016) Vol. 17, No. 13, pp. 1405-1414.
     http://www.futuremedicine.com/loi/pgs.
     ISSN: 1462-2416. E-ISSN: 1744-8042.
DOI  http://dx.doi.org/10.2217/pgs-2016-0071
DT   Article
FS   BIOSIS
OS   BIOSIS 2016:774531
LA   English
ED   Entered STN: 18 Oct 2016
     Last Updated on STN: 18 Oct 2016
AB   Aim: Genetic variants affecting statin uptake, metabolism or predisposing to muscular diseases may confer susceptibility to statin-induced myopathy.  Besides the SLCO1B1 rs4149056 genotype, common genetic variants do not seem to determine statin-associated myopathy. Here we aimed to address the potential role of rare variants.  Methods: We performed whole exome sequencing in 88 individuals suffering from statin-associated myopathy and assessed the burden of rare variants using candidate-gene and exome-wide association analysis.  Results: In the novel candidate gene CLCN1, we identified a heterozygote truncating mutation p.R894* in four patients.  In addition, we detected predictably pathogenic case-specific variants in MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20.  Conclusion: These findings support the role of rare variants and nominate loci for follow-up studies.
CC   Genetics - General   03502
     Genetics - Human   03508
     Pathology - Therapy   12512
     Muscle - Pathology   17506
     Bones, joints, fasciae, connective and adipose tissue - Pathology
     18006
     Pharmacology - General   22002
     Pharmacology - Clinical pharmacology   22005
     Toxicology - General and methods   22501
     Toxicology - Pharmacology   22504
     Gerontology   24500
ST   Major Concepts
        Pharmacology; Toxicology; Molecular Genetics (Biochemistry and
        Molecular Biophysics); Orthopedics (Human Medicine, Medical Sciences)
ST   Diseases
        myopathy: muscle disease, drug-induced
ST   Methods & Equipment
        whole exome sequencing: laboratory techniques, genetic techniques
ORGN Classifier
        Hominidae   86215
     Super Taxa
        Primates; Mammalia; Vertebrata; Chordata; Animalia
     Organism Name
        human (common): adult, aged, aged/80 and over, middle age, female,
        male
     Taxa Notes
        Animals, Chordates, Humans, Mammals, Primates, Vertebrates
GEN  human CYP3A5 gene (Hominidae): locus; human SH3TC2 gene (Hominidae):
     locus

Komentář:

Do databáze TOXCENTER byl článek ze srpnového čísla časopisu cestou přes BIOSIS zařazen poměrně rychle, 18. října 2016. Je uveden autorský abstrakt, uvádějící jako předmět publikace myopatii (svalovou slabost) spojenou s užíváním statinů. Jednotlivé statiny nejsou uvedeny ani v abstraktu, ani v deskriptorové části. Že se jedná o případ nežádoucího účinku, vyvolaného účinkem léčiv je vyjádřeno obecně v deskriptorové části:

Diseases
        myopathy: muscle disease, drug-induced

BIOSIS Previews® je databáze zahrnující dokumenty z široké oblasti přírodních věd, s retrospektivou záznamů od roku 1926 (25,7 mil. záznamů). Producentem je britská společnost Clarivate Analytics.

Záznam TOXCENTER (COPYRIGHT 2017 ACS on STN), file segment CAPLUS:

L4   ANSWER 2 OF 3  TOXCENTER COPYRIGHT 2017 ACS on STN
AN   2017:163369  TOXCENTER  Full-text
CP   Copyright 2017 ACS
DN   CA16618360130D 
TI   Rare variants in known and novel candidate genes predisposing to
     statin-associated myopathy
AU   Neroldova, Magdalena; Stranecky, Viktor; Hodanova, Katerina;
     Hartmannova, Hana; Piherova, Lenka; Pristoupilova, Anna; Mrazova, Lenka;
     Vrablik, Michal; Adamkova, Vera; et al.
CS   Laboratory of Experimental Hepatology, Center for Experimental Medicine,
     Institute for Clinical & Experimental Medicine, Prague, Czech Rep..
SO   Pharmacogenomics, (2016) Vol. 17, No. 13, pp. 1405-1414.
     CODEN: PARMFL. ISSN: 1462-2416.
DOI  http://dx.doi.org/10.2217/pgs-2016-0071
CY   CZECH REPUBLIC
DT   Journal
FS   CAPLUS
OS   CAPLUS 2016:1313652
LA   English
ED   Entered STN: 10 Apr 2017
     Last Updated on STN: 17 Apr 2017
AB    Aim: Genetic variants affecting statin uptake, metabolism or predisposing to muscular diseases may confer susceptibility to statin-induced myopathy. Besides the SLCO1B1 rs4149056 genotype, common genetic variants do not seem to determine statin-associated myopathy.  Here we aimed to address the potential role of rare variants.  Methods: We performed whole exome sequencing in 88 individuals suffering from statin-associated myopathy and assessed the burden of rare variants using candidate-gene and exome-wide association anal.  Results: In the novel candidate gene CLCN1, we identified a heterozygote truncating mutation p.R894* in four patients.  In addition, we detected predictably pathogenic case-specific variants in MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20.  Conclusion: These findings support the role of rare variants and nominate loci for follow-up studies.
CC   1-4
ST   Miscellaneous Descriptors
        statin myopathy mutation pharmacogenetics
RN   79902-63-9 (Simvastatin)
     134523-00-5 (Atorvastatin)
     287714-41-4 (Rosuvastatin)
     9001-15-4 (Creatine kinase)
RN   9028-35-7

Komentář:

V segmentu CAPLUS je uveden nezměněný autorský souhrn, medicínská část deskriptorů je sice velmi stručná, ale na rozdíl od záznamu z databáze BIOSIS jsou tentokrát uvedeny i konkrétní statiny, o které se jedná, tedy atorvastatin, rosuvastain a simvastatin, a to včetně registračních čísel Chemical Abstracts. Do databáze TOXCENTER byl cestou přes CAPLUS záznam zařazen až 10.4.2017, tedy se značným zpožděním.

Chemical Abstracts (CAPLUS) je bibliografická databáze z oboru chemie, biochemie, farmacie a chemického inženýrství, která zahrnuje odbornou literaturu i informace o patentech. Pokrývá záznamy od roku 1907 (45 mil. záznamů). Producentem je americká společnost Chemical Abstracts Service. Databáze disponuje velmi kvalitní indexací chemických sloučenin pomocí registračních čísel CAS a mimo jiné pomocí tzv. CAS rolí. Registrační čísla CAS jsou jasným identifikátorem chemických sloučenin. Role vystihují, zda jde v dokumentu o proces, použití, přípravu či vlastnosti chemických sloučenin.

Záznam TOXCENTER (COPYRIGHT 2017 ACS on STN), file segment MEDLINE:

L4   ANSWER 3 OF 3  TOXCENTER COPYRIGHT 2017 ACS on STN
AN   2017:360073  TOXCENTER  Full-text
DN   PubMed ID: 27296017
TI   Rare variants in known and novel candidate genes predisposing to
     statin-associated myopathy
AU   Neroldova Magdalena; Jirsa Milan; Stranecky Viktor; Hodanova Katerina;
     Hartmannova Hana; Piherova Lenka; Pristoupilova Anna; Kmoch Stanislav;
     Mrazova Lenka; Hubacek Jaroslav A; Vrablik Michal; Adamkova Vera
CS   Laboratory of Experimental Hepatology, Center for Experimental Medicine,
     Institute for Clinical & Experimental Medicine, Prague, Czech Republic;
     Institute of Inherited Metabolic Diseases, First Medical Faculty,
     Charles University, Prague, Czech Republic; Laboratory for
     Atherosclerosis Research, Center for Experimental Medicine, Institute
     for Clinical & Experimental Medicine, Prague, Czech Republic; Third
     Medical Department, First Faculty of Medicine, Charles University &
     General Faculty Hospital, Prague, Czech Republic; Preventive Cardiology
     Department, Institute for Clinical & Experimental Medicine, Prague,
     Czech Republic
SO   Pharmacogenomics, (2016 Aug) Vol. 17, No. 13, pp. 1405-14. Electronic
     Publication Date: 14 Jun 2016.
     Journal code: 100897350. E-ISSN: 1744-8042. L-ISSN: 1462-2416.
DOI  http://dx.doi.org/10.2217/pgs-2016-0071
CY   England: United Kingdom
DT   Journal; Article; (JOURNAL ARTICLE)
FS   MEDLINE
OS   MEDLINE 2017096364
LA   English
ED   Entered STN: 14 Aug 2017
     Last Updated on STN: 14 Aug 2017
AB    AIM:  Genetic variants affecting statin uptake, metabolism or predisposing to muscular diseases may confer susceptibility to statin-induced myopathy.  Besides the SLCO1B1 rs4149056 genotype, common genetic variants do not seem to determine statin-associated myopathy. Here we aimed to address the potential role of rare variants.

      METHODS:  We performed whole exome sequencing in 88 individuals suffering from statin-associated myopathy and assessed the burden of rare variants using candidate-gene and exome-wide association analysis.

      RESULTS:  In the novel candidate gene CLCN1, we identified a heterozygote truncating mutation p.R894* in four patients.  In addition, we detected predictably pathogenic case-specific variants in MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20.

      CONCLUSION:  These findings support the role of rare variants and nominate loci for follow-up studies.
CT   Check Tags: Female; Male
      Adult
      Aged
      Aged, 80 and over
      Chloride Channels: GE, genetics
      Exome: GE, genetics
      Genetic Variation
      Genome-Wide Association Study
      Genotype
      Humans
     *Hydroxymethylglutaryl-CoA Reductase Inhibitors: AE, adverse effects
      Middle Aged
     *Muscular Diseases: CI, chemically induced
      Muscular Diseases: EP, epidemiology
     *Muscular Diseases: GE, genetics
      Rare Diseases: GE, genetics
      Solute Carrier Organic Anion Transporter Family Member 1b1: GE,
    genetics ST   Miscellaneous Descriptors
        CLCN1; atorvastatin; gene; myopathy; rosuvastatin; simvastatin;
        statin
CN   CLC-1 channel; Chloride Channels; Hydroxymethylglutaryl-CoA Reductase
     Inhibitors; SLCO1B1 protein, human; Solute Carrier Organic Anion
     Transporter Family Member 1b1

Komentář:

Také tento záznam uvádí nezměněný autorský souhrn a v citaci je navíc zmíněna informace, že elektronicky byl článek zpřístupněn již 14. června 2016. Do databáze TOXCENTER cestou přes MEDLINE byl ale zařazen až 14.8.2017, tedy více než rok po uveřejnění. V deskriptorové části je myopatie uvedena pod heslem „Muscular diseases“ včetně vyvolaného problému

CT     *Muscular Diseases: CI, chemically induced

a jsou uvedeny i konkrétní statiny, o které se jedná, tedy atorvastatin, rosuvastain a simvastatin.

Databáze MEDLINE je bibliografická databáze ze všech oblastí medicíny. Producentem je americká národní lékařská knihovna (National Library of Medicine). Databáze obsahuje záznamy od roku 1946 (27,1 mil. záznamů). Velkým pomocníkem při vyhledávání je rozsáhlý tezaurus MeSH (Medical Subject Headings).

Zajímavé je i srovnání záznamů TOXCENTER s původními databázemi. Takto je zdrojový záznam dostupný v databázi BIOSIS (COPYRIGHT (c) 2017 Clarivate Analytics on STN):

L4   ANSWER 1 OF 1  BIOSIS  COPYRIGHT (c) 2017 Clarivate Analytics  on STN
AN   2016:774531  BIOSIS  Full-text
DN   PREV201600774531
TI   Rare variants in known and novel candidate genes predisposing to
     statin-associated myopathy.
AU   Neroldova, Magdalena [Reprint Author]; Stranecky, Viktor; Hodanova,
     Katerina; Hartmannova, Hana; Piherova, Lenka; Pristoupilova, Anna;
     Mrazova, Lenka; Vrablik, Michal; Adamkova, Vera; Hubacek, Jaroslav A.;
     Jirsa, Milan; Kmoch, Stanislav
CS   Inst Clin and Expt Med, Lab Expt Hepatol, Ctr Med Expt, Prague, Czech
     Republic
    
SO   Pharmacogenomics, (AUG 2016) Vol. 17, No. 13, pp. 1405-1414.
     http://www.futuremedicine.com/loi/pgs.
     ISSN: 1462-2416. E-ISSN: 1744-8042.
DOI  10.2217/pgs-2016-0071
DT   Article
LA   English
ED   Entered STN: 12 Oct 2016
     Last Updated on STN: 31 May 2017
AB    Aim: Genetic variants affecting statin uptake, metabolism or predisposing to muscular diseases may confer susceptibility to statin-induced myopathy.  Besides the SLCO1B1 rs4149056 genotype, common genetic variants do not seem to determine statin-associated myopathy. Here we aimed to address the potential role of rare variants.  Methods: We performed whole exome sequencing in 88 individuals suffering from statin-associated myopathy and assessed the burden of rare variants using candidate-gene and exome-wide association analysis.  Results: In the novel candidate gene CLCN1, we identified a heterozygote truncating mutation p.R894* in four patients.  In addition, we detected predictably pathogenic case-specific variants in MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20.  Conclusion: These findings support the role of rare variants and nominate loci for follow-up studies.
CC   Genetics - General   03502
     Genetics - Human   03508
     Pathology - Therapy   12512
     Muscle - Pathology   17506
     Bones, joints, fasciae, connective and adipose tissue - Pathology
     18006
     Pharmacology - General   22002
     Pharmacology - Clinical pharmacology   22005
     Toxicology - General and methods   22501
     Toxicology - Pharmacology   22504
     Gerontology   24500
IT   Major Concepts
        Pharmacology; Toxicology; Molecular Genetics (Biochemistry and
        Molecular Biophysics); Orthopedics (Human Medicine, Medical Sciences)
IT   Diseases
        myopathy: muscle disease, drug-induced
IT   Methods & Equipment
        whole exome sequencing: laboratory techniques, genetic techniques
ORGN Classifier
        Hominidae   86215
     Super Taxa
        Primates; Mammalia; Vertebrata; Chordata; Animalia
     Organism Name
        human (common): adult, aged, aged/80 and over, middle age, female,
        male
     Taxa Notes
        Animals, Chordates, Humans, Mammals, Primates, Vertebrates
GEN  human CYP3A5 gene (Hominidae): locus; human SH3TC2 gene (Hominidae):
     locus

Komentář:

Záznam BIOSIS uvádí zavedení článku do STN 12.10.2016, takže TOXCENTER jej měl k dispozici již za šest dní. Poslední aktualizace je uvedena 31. května 2017, ale záznam je do detailu stejný, jak jej poskytl již před více než sedmi měsíci TOXCENTER (COPYRIGHT 2017 ACS on STN), tedy bez uvedení konkrétních statinů.

Takto je záznam dostupný v databázi CAPLUS (COPYRIGHT (c) 2017 ACS on STN):

L1   ANSWER 1 OF 1  CAPLUS  COPYRIGHT 2017 ACS on STN
AN   2016:1313652  CAPLUS  Full-text
DN   166:360130
ED   Entered STN:  11 Aug 2016
TI   Rare variants in known and novel candidate genes predisposing to
     statin-associated myopathy
AU   Neroldova, Magdalena; Stranecky, Viktor; Hodanova, Katerina;
     Hartmannova, Hana; Piherova, Lenka; Pristoupilova, Anna; Mrazova, Lenka;
     Vrablik, Michal; Adamkova, Vera; Hubacek, Jaroslav A.; Jirsa, Milan;
     Kmoch, Stanislav
CS   Laboratory of Experimental Hepatology, Center for Experimental Medicine,
     Institute for Clinical & Experimental Medicine, Prague, Czech Rep.
SO   Pharmacogenomics (2016), 17(13), 1405-1414
     CODEN: PARMFL; ISSN: 1462-2416
DOI  10.2217/pgs-2016-0071
PB   Future Medicine Ltd.
DT   Journal; (online computer file)
LA   English
CC   1-4 (Pharmacology)
     Section cross-reference(s): 3
AB    Aim: Genetic variants affecting statin uptake, metabolism or predisposing to muscular diseases may confer susceptibility to statin-induced myopathy. Besides the SLCO1B1 rs4149056 genotype, common genetic variants do not seem to determine statin-associated myopathy.  Here we aimed to address the potential role of rare variants.  Methods: We performed whole exome sequencing in 88 individuals suffering from statin-associated myopathy and assessed the burden of rare variants using candidate-gene and exome-wide association anal.  Results: In the novel candidate gene CLCN1, we identified a heterozygote truncating mutation p.R894* in four patients.  In addition, we detected predictably pathogenic case-specific variants in MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20.  Conclusion: These findings support the role of rare variants and nominate loci for follow-up studies.
ST   statin myopathy mutation pharmacogenetics
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (ABCC4; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (AMPD1; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (CLCN1; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (CYP24A1; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (CYP3A5; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (FBXO32; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (MYOT; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (RBM20; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (SH3TC2; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (SLC15A; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (SLCO1B1; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Animal gene
     RL: BSU (Biological study, unclassified); PRP (Properties); BIOL
     (Biological study)
        (SLCO1B3; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   Allele frequency
     Frameshift mutation
     Genotypes
     Heterozygosity
     Homo sapiens
     Human
     Missense mutation
     Muscle disease
     Mutation
     Nonsense mutation
     Pharmacogenetics
     Single nucleotide polymorphism
        (individuals suffering from statin-associated myopathy revealed rare
        variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   HMG-CoA reductase inhibitors
        (statins; individuals suffering from statin-associated myopathy revealed
        rare variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   79902-63-9, Simvastatin   134523-00-5, Atorvastatin   287714-41-4,
     Rosuvastatin
     RL: ADV (Adverse effect, including toxicity); PAC (Pharmacological
     activity); THU (Therapeutic use); BIOL (Biological study); USES (Uses)
        (individuals suffering from statin-associated myopathy revealed rare
        variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   9001-15-4, Creatine kinase
     RL: BSU (Biological study, unclassified); BIOL (Biological study)
        (individuals suffering from statin-associated myopathy revealed rare
        variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
IT   9028-35-7
     RL: BSU (Biological study, unclassified); BIOL (Biological study)
        (inhibitors; individuals suffering from statin-associated myopathy
        revealed rare variants of genes including novel CLCN1 along with
        MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20)
OSC.G   1     THERE ARE 1 CAPLUS RECORDS THAT CITE THIS RECORD (1 CITINGS)
UPOS.G  Date last citing reference entered STN:  23 Feb 2017
OS.G   CAPLUS 2017:303595
RE.CNT  49    THERE ARE 49 CITED REFERENCES AVAILABLE FOR THIS RECORD

Komentář:

Záznam CAPLUS je nesrovnatelně podrobnější než záznam v příslušném segmentu TOXCENTER. Z pohledu farmakovigilance je zcela zásadní následující odstavec v deskriptorové části:

IT   79902-63-9, Simvastatin   134523-00-5, Atorvastatin   287714-41-4,
     Rosuvastatin
     RL: ADV (Adverse effect, including toxicity); PAC (Pharmacological
     activity); THU (Therapeutic use); BIOL (Biological study); USES (Uses)
        (individuals suffering from statin-associated myopathy revealed rare
        variants of genes including novel CLCN1 along with MYOT, CYP3A5,
        SH3TC2, FBXO32 and RBM20)

Tato část popisuje velmi přesně roli jednotlivých látek v příslušné publikaci. Kromě řady dalších rozpracovaných údajů představuje tato část hlavní informaci – podrobnější nejen než TOXCENTER, ale také než v dalších databázích. Do databáze TOXCENTER byly sice převedeny konkrétní statiny, ale bez podrobnější specifikace, která je k dispozici právě ve zdrojové databázi Chemical Abstracts (CAPLUS). Výhodou záznamu CAPLUS je rovněž uvedení 49 citovaných prací v plných citacích.

Takto je záznam dostupný v databázi MEDLINE (COPYRIGHT MEDLINE ® on STN):

L4   ANSWER 1 OF 1     MEDLINE ®  on STN
AN   2017096364     MEDLINE  Full-text
DN   PubMed ID: 27296017
TI   Rare variants in known and novel candidate genes predisposing to
     statin-associated myopathy.
AU   Neroldova Magdalena; Jirsa Milan
CS   Laboratory of Experimental Hepatology, Center for Experimental Medicine,
     Institute for Clinical & Experimental Medicine, Prague, Czech Republic.
AU   Stranecky Viktor; Hodanova Katerina; Hartmannova Hana; Piherova Lenka;
     Pristoupilova Anna; Kmoch Stanislav
CS   Institute of Inherited Metabolic Diseases, First Medical Faculty,
     Charles University, Prague, Czech Republic.
AU   Mrazova Lenka; Hubacek Jaroslav A
CS   Laboratory for Atherosclerosis Research, Center for Experimental
     Medicine, Institute for Clinical & Experimental Medicine, Prague, Czech
     Republic.
AU   Vrablik Michal
CS   Third Medical Department, First Faculty of Medicine, Charles University
     & General Faculty Hospital, Prague, Czech Republic.
AU   Adamkova Vera
CS   Preventive Cardiology Department, Institute for Clinical & Experimental
     Medicine, Prague, Czech Republic.
SO   Pharmacogenomics, (2016 Aug) Vol. 17, No. 13, pp. 1405-14.
     Electronic Publication Date: 14 Jun 2016
     Journal code: 100897350. E-ISSN: 1744-8042. L-ISSN: 1462-2416.
DOI  http://dx.doi.org/10.2217/pgs-2016-0071
CY   England: United Kingdom
DT   Journal; Article; (JOURNAL ARTICLE)
LA   English
FS   MEDLINE; Priority Journals
FS   Print; Electronic
EM   201708
ED   Entered STN: 15 Jun 2016
     Last Updated on STN: 10 Aug 2017
     Indexing Added: 10 Aug 2017
     Entered Medline: 9 Aug 2017
AB    AIM:  Genetic variants affecting statin uptake, metabolism or predisposing to muscular diseases may confer susceptibility to statin-induced myopathy.  Besides the SLCO1B1 rs4149056 genotype, common genetic variants do not seem to determine statin-associated myopathy. Here we aimed to address the potential role of rare variants.
      METHODS:  We performed whole exome sequencing in 88 individuals suffering from statin-associated myopathy and assessed the burden of rare variants using candidate-gene and exome-wide association analysis.
      RESULTS:  In the novel candidate gene CLCN1, we identified a heterozygote truncating mutation p.R894* in four patients.  In addition, we detected predictably pathogenic case-specific variants in MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20.
      CONCLUSION:  These findings support the role of rare variants and nominate loci for follow-up studies.
ST   CLCN1; atorvastatin; gene; myopathy; rosuvastatin; simvastatin; statin
CT   Check Tags: Female; Male
      Adult
      Aged
      Aged, 80 and over
      Chloride Channels: GE, genetics
      Exome: GE, genetics
      Genetic Variation
      Genome-Wide Association Study
      Genotype
      Humans
     *Hydroxymethylglutaryl-CoA Reductase Inhibitors: AE, adverse effects
      Middle Aged
     *Muscular Diseases: CI, chemically induced
      Muscular Diseases: EP, epidemiology
     *Muscular Diseases: GE, genetics
      Rare Diseases: GE, genetics
      Solute Carrier Organic Anion Transporter Family Member 1b1: GE,
     genetics
CN   CLC-1 channel; Chloride Channels; Hydroxymethylglutaryl-CoA Reductase
     Inhibitors; SLCO1B1 protein, human; Solute Carrier Organic Anion
     Transporter Family Member 1b1

Komentář:

Záznam byl do MEDLINE zaveden 9.8.2017, tedy se značným zpožděním ve srovnání se všemi dalšími databázemi. Ovšem již následující den byla dodána také indexace, což je poměrně neobvyklé, protože přidání deskriptorů do záznamu MEDLINE trvá většinou několik týdnů, někdy i měsíců. I tak je to ale více než rok od uveřejnění článku, což je hodně pozdě. Mezi deskriptoty jsou sice zmíněny všechny tři konkrétní statiny, ale bez rozvedení jejich role v příslušném článku. Čtyři dny poté již totožný záznam poskytl také TOXCENTER.

Čtveřice databází, částečně propojených v databázi TOXCENTER ovšem není jediným zdrojem důležitých informací. Klíčovou roli z hlediska farmakovigilance hraje databáze EMBASE (v tištěné verzi Excerpta Medica), která je od roku 2015 využívána v systému Medical Literature Monitoring, provozovanému Evropskou lékovou agenturou.

EMBASE je bibliografická databáze ze všech oblastí medicíny, producentem je společnost Elsevier, B.V. Databáze obsahuje záznamy od roku 1974. V oblasti farmakologie je EMBASE jednoznačně hlavním informačním zdrojem, zahrnujícím více než 32 milionů záznamů z přibližně 8 300 časopisů z celého světa, z toho více než 6 milionů unikátních záznamů, které nejsou pokrývány databází MEDLINE. Deskriptorový slovník v databázi EMBASE je považován za dokonalý, a stále je vylepšován.

Takto je stejný článek zpracován v databázi EMBASE (COPYRIGHT MEDLINE ® on STN):

L6   ANSWER 1 OF 1  EMBASE  COPYRIGHT (c) 2017 Elsevier B.V. All rights
     reserved on STN
AN   20160602164  EMBASE    Full-text
DN   611709666  PMID: 27296017
TI   Rare variants in known and novel candidate genes predisposing to
     statin-associated myopathy.
AU   Neroldova, Magdalena (correspondence); Jirsa, Milan
CS   Laboratory of Experimental Hepatology, Center for Experimental Medicine,
     Institute for Clinical and Experimental Medicine, Prague, Czech Republic
     .
AU   Stranecky, Viktor; Hodanova, Katerina; Hartmannova, Hana; Piherova,
     Lenka; Pristoupilova, Anna; Kmoch, Stanislav
CS   Institute of Inherited Metabolic Diseases, First Medical Faculty,
     Charles University, Prague, Czech Republic.
AU   Mrazova, Lenka; Hubacek, Jaroslav A
CS   Laboratory for Atherosclerosis Research, Center for Experimental
     Medicine, Institute for Clinical and Experimental Medicine, Prague,
     Czech Republic.
AU   Vrablik, Michal
CS   Third Medical Department, First Faculty of Medicine, Charles University,
     General Faculty Hospital, Prague, Czech Republic.
AU   Adamkova, Vera
CS   Preventive Cardiology Department, Institute for Clinical and
     Experimental Medicine, Prague, Czech Republic.
SO   Pharmacogenomics, (August 2016) Vol. 17, No. 13, pp. 1405-1414.
     Refs: 49
     ISSN: 1462-2416; E-ISSN: 1744-8042  CODEN: PARMFL
DOI  10.2217/pgs-2016-0071
PB   Future Medicine Ltd..
CY   United Kingdom
DT   Journal; Article
FS   Intellectual Indexing
     022     Human Genetics
     037     Drug Literature Index
     038     Adverse Reactions Titles
     008     Neurology and Neurosurgery
LA   English
ED   Entered Embase: 25 Aug 2016
     Last Updated on Embase: 25 Aug 2016
     First Entered Embase or Embase Alert: 23 Aug 2016
AB    Aim: Genetic variants affecting statin uptake, metabolism or predisposing to muscular diseases may confer susceptibility to statin-induced myopathy.  Besides the SLCO1B1 rs4149056 genotype, common genetic variants do not seem to determine statin-associated myopathy. Here we aimed to address the potential role of rare variants.  Methods: We performed whole exome sequencing in 88 individuals suffering from statin-associated myopathy and assessed the burden of rare variants using candidate-gene and exome-wide association analysis.  Results: In the novel candidate gene CLCN1, we identified a heterozygote truncating mutation p.R894* in four patients.  In addition, we detected predictably pathogenic case-specific variants in MYOT, CYP3A5, SH3TC2, FBXO32 and RBM20.  Conclusion: These findings support the role of rare variants and nominate loci for follow-up studies.
CT   Medical Descriptors:
     adult
     aged
     Article
     CLCN1 gene
     controlled study
     CYP3A5 gene
     disease duration
     drug withdrawal
     enzyme activity
     FBXO32 gene
     female
     follow up
     gene
     gene mutation
     *genetic predisposition
     genetic procedures
     *genetic variability
     genome-wide association study
     heterozygote
     human
     major clinical study
     male
     *myopathy: ET, etiology
     *myopathy: SI, side effect
     myopathy: SI, side effect; atorvastatin
     myopathy: SI, side effect; hydroxymethylglutaryl coenzyme A reductase
     inhibitor
     myopathy: SI, side effect; rosuvastatin
     myopathy: SI, side effect; simvastatin
     MYOT gene
     RBM20 gene
     SH3TC2 gene
     single nucleotide polymorphism
     whole exome sequencing
CT   Drug Descriptors:
     atorvastatin: AE, adverse drug reaction; myopathy
     atrogin 1: EC, endogenous compound
     creatine kinase: EC, endogenous compound
     cytochrome P450 3A5: EC, endogenous compound
     genomic DNA: EC, endogenous compound
     *hydroxymethylglutaryl coenzyme A reductase inhibitor: AE, adverse drug
     reaction; myopathy
     rosuvastatin: AE, adverse drug reaction; myopathy
     simvastatin: AE, adverse drug reaction; myopathy
ST   atorvastatin; CLCN1; gene; myopathy; rosuvastatin; simvastatin; statin
RN   (atorvastatin) 134523-00-5, 134523-03-8; (creatine kinase) 9001-15-4;
     (cytochrome P450 3A5) 336874-97-6; (rosuvastatin) 147098-18-8,
     147098-20-2; (simvastatin) 79902-63-9
CN   (creatine kinase) EC 2.7.3.2

Komentář:

Záznam EMBASE byl k dispozici již 23.8.2016 a již dva dny poté včetně podrobné indexace, nechybí správná klasifikace u všech tří inkriminovaných statinů:

     atorvastatin: AE, adverse drug reaction; myopathy
     rosuvastatin: AE, adverse drug reaction; myopathy
     simvastatin: AE, adverse drug reaction; myopathy

 i další podrobný popis a nechybějí ani registrační čísla Chemical Abstracts. V tomto případě EMBASE potvrzuje, že její deskriptorový systém je velmi důkladný.

Při srovnávání databází jsme se tentokrát zaměřili na popis jednotlivých statinů. Pro úplnost je možno doplnit, že 22% sledovaných pacientů v dané publikaci užívalo před vznikem svalových problémů vedle statinů také fenofibrát. Tato vedlejší, ale určitě nikoli bezvýznamná informace se neobjevila v záznamu žádné z výše uvedených databází.

Pozn.: Stejný článek nabízí databázová síť STN International ještě v databázi SCISEARCH.

Závěr

Samozřejmě podle jednoho článku českých autorů nelze posuzovat kvalitu světových databází. Ale příspěvek vychází z 25-leté zkušenosti firmy Medistyl v rešeršních službách a nejedná se o výjimku potvrzující pravidlo, ale o vcelku standardní situaci. Hlavním cílem bylo posoudit užitečnost databáze TOXCENTER a snad i varovat před duplicitami z jednotlivých jejích segmentů.

Na údajích o postupném (někdy pomalém) zařazování záznamů o jednom článku do jednotlivých databázích lze také ukázat, proč je se při pravidelných, např. týdenních, rešerších objevuje jeden dokument vícekrát, právě z důvodu různých fází doplnování údajů, indexace apod., tak i výskytu v různých databázích.

Při volbě databáze hraje významnou roli operativnost zpracování, úplnost deskriptorové části a v neposlední řadě i cena. Pokud je rešerše zaměřena na nežádoucí účinky např. atorvastatinu, pak tento článek v BIOSIS (ani v přílušném segmentu TOXCENTER) nenajdeme, není tam o hledané látce ani zmínka. Stručné informace o konkrétních statinech i obecný popis nežádoucího účinku nechybějí v databázi MEDLINE. Jedná se o daleko nejlevnější databázi v síti STN International -  v roce 2018 je cena 0,37 € za záznam a 0,48 € za setinu hodiny připojení, takže základní cena vyjde méně než 2 € za jeden záznam (v případě externích rešeršních služeb je k této ceně nutno připočítat náklady zpracovatele). Cena téhož záznamu v příslušném segmentu TOXCENTER je nejméně dvakrát vyšší. A informace se tam objevila s ročním zpožděním! Třetí z posuzovaných databází - CAPLUS má z hlediska našeho zadání velmi dobrý popis, ale základní cena jednoho záznamu je vyšší než 10 € (sice jen 0,60 € za setinu hodiny připojení, ale poměrně vysoké poplatky za vyhledávací termíny (search terms) cenu zvyšují). Problémy s cenou jednotlivých záznamů může zmírnit cena ročního předplatného, které STN International v současné době nabízí. Tyto ceny jsou však již v celkové částce zahrnuty, a tak je její výše relativně vysoká.

Z hlediska operativnosti i úplnosti popisu v naší ukázce zvítězila databáze EMBASE. Také v jejím případě je ale základní cena jednoho záznamu vyšší než 10 € (6,30 € za záznam a 2,34 € za setinu hodiny připojení).  

Vyhledávací systém v síti STN International umožňuje poměrně jednoduše odstraňovat duplicity mezi jednotlivými databázemi. Proto se osvědčuje začít vyhledávání v levném MEDLINE, z dražší EMBASE brát jen články, které nejsou zachyceny v MEDLINE (záběr EMBASE je o hodně větší) a jako třetí postavit třeba CAPLUS, kam mohou propadnout některé záznamy z časopisů mimo běžný okruh v oblasti farmacie. Takto je možno zařadit i větší počet databází (z dalších např. Derwent Drug File) a odstraněním duplicit ušetřit náklady, ale zejména následnou práci s procházením záznamů. V případě farmacie se nám tedy databáze TOXCENTER nedostala do doporučeného postupu, ale jiné by to pravděpodobně bylo v případě rešerše z oblasti chemie. Ale to je již jiný příběh.

Hodnocení: 
Průměr: 1 (1 hlasování)
FRANKLOVÁ, Martina a HORKÝ, Jaroslav. Databáze TOXCENTER – úvaha o využití duplicitních či zdrojových záznamů. Ikaros [online]. 2018, ročník 22, číslo 3 [cit. 2018-12-19]. urn:nbn:cz:ik-18259. ISSN 1212-5075. Dostupné z: http://ikaros.cz/node/18259

automaticky generované reklamy
registration login password