Vážení čtenáři,
v této nové rubrice vás budeme seznamovat s internetovými stránkami a portály zaměřenými na konkrétní vědní disciplíny. Cílem je posoudit jak obsahové, tak i formální hledisko (resp. grafický způsob provedení stránky). Součástí každé recenze je i celkové zhodnocení. V tomto čísle vám představíme tři zahraniční chemické databáze. Tento text vznikl ve spolupráci s pracovníkem katedry biochemie na PřF MU v Brně Mgr. Pavlem Bouchalem, který se podílel na jeho přípravě a poskytl odborný posudek. Posouzení formální stránky provedl Mgr. David Nečas.

Databáze ChemWeb

Obsahová charakteristika: ChemWeb (www.chemweb.com) je rozsáhlá databáze pokrývající široké spektrum chemických disciplín. Struktura stránek ChemWebu je dobře hierarchicky uspořádaná a umožňuje snadnou orientaci. ChemWeb je rozdělen na 12 hlavních chemických oborů (např. analytická, anorganická, organická, fyzikální, makromolekulární, farmaceutická chemie, biochemie, chemické inženýrství). V každém oboru je pak ChemWeb členěn podle možnosti vyhledávání v typech dokumentů (knihy, časopisy) a nabízí i nejnovější texty.

ChemWeb nabízí následující uživatelské nástroje:

• vyhledávání ve velkém množství časopisů s chemickou tématikou. ChemWeb je úzce spojen s nakladatelstvím Elsevier, což se zčásti projevuje i na nabídce časopisů. U článků ze všech časopisů je volně k dispozici abstrakt. Přístup k plným textům je zprostředkován přes ScienceDirect.
• specifické chemické databáze. Ty jsou zaměřeny na fyzikálně-chemické a spektrální vlastnosti látek, chemický slovník aj. Součástí databází jsou i Beilsteinovy abstrakty, obsahující názvy a abstrakty článků převážně z organické chemie, databáze Medline či vyhledávání tzv. bezpečnostních listů toxických látek (MSDS).
• sekci nástroje, která obsahuje např. chemické názvosloví (IUPAC), predikci spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) či hledání dalších informací o chemických látkách.
• recenze na nové knihy, oznámení o pracovních příležitostech v oboru, aktuální konference.
• odkazy na další internetové linky.

V rámci ChemWebu lze objednat i e-mailové zasílání elektronického časopisu Alchemist, obsahujícího některé aktuální informace z chemie.

Obecné vlastnosti: ChemWeb je zaměřen na všechny oblasti chemie. Protože je poměrně dobře pokrývá, slouží zároveň jako rozcestník umožňující pronikat s rostoucí specializací do jednotlivých odvětví chemie. Obecně lze říci, že ChemWeb uspokojí jak zájemce o populární chemii, tak i náročnější požadavky odborníka.

Design: Celkový dojem kazí poněkud nepřehledný design. Příliš mnoho prvků, které teoreticky mají vést oko, ale ve skutečnosti si prakticky nemůžeme vybrat. Na první pohled vypadá design celkem zajímavě, ale už na druhý se člověk může ztratit. Plocha pro skutečnou informaci je minimální. Pevná šířka, při malém či velkém oknu, vypadá podivně. V negrafických prohlížečích se před textem zobrazuje příliš mnoho zbytečností. Navzdory těmto částečným nedostatkům lze design celkově považovat za poměrně zdařilý.

Přístup: Základní služby, jako je vyhledávání a abstrakty, jsou volné, stejně jako přístup k některým databázím. Dále je možné se zdarma zaregistrovat, a účet využít pro předplacení dalších služeb.

Celkové hodnocení: ChemWeb je díky svému rozsahu dobrým informačním zdrojem týkajícím se celého oboru chemie a obsahuje velké množství informací, i design je relativně zdařilý.
Obsah:
Forma:

(Poznámka: Nejnižší známka je jedna hvězdička, nejvyšší pět.)

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Obsahová charakteristika: Stránky NCBI (National Center for Biotechnology Information; www.ncbi.nlm.nih.gov), což je americká vědecká instituce, jsou na rozdíl od ChemWebu orientovány na biomedicínské obory ("Life Science") jako medicína, biochemie a molekulární biologie. Hlavním těžištěm a úmyslem tvůrců stránek bylo vytvořit rozsáhlou databázi článků, struktur DNA a bílkovin. Stránky NCBI jsou organizovány následujícím jednoduchým způsobem, umožňujícím snadnou orientaci. Na hlavní lištu jsou vyneseny linky na důležité databáze, které jsou součástí NCBI. Jsou to zejména:

• databáze PubMed, v níž je možno vyhledávat abstrakty článků z oblasti Life Science. PubMed je databáze udržovaná Národní medicínskou knihovnou USA, s více než 14 milióny citací článků, počínaje rokem 1950. Uživatelé s platnou licencí mají přístup k plným textům článků.
• služba Entrez, což je jak rozcestník, tak i vyhledávač mezi jednotlivými databázemi. Ty komplexně pokrývají např. již zmíněnou databázi PubMed a dále databázi PubMed Central s plnými texty článků.
• vynikající, úzce specializované databáze sekvencí DNA (tzv. GenBank), proteinů a kompletních genomů. Obsahuje převážně publikovaná data, je však možno aktivně přispívat i vlastními výzkumnými výsledky.
• přehled taxonomie organismů
• on-line biomedicínské knihy

Odkazy jsou navzájem propojeny, a často navštěvované linky jsou vyneseny na hlavní lištu domovské stránky.

Obecné vlastnosti: NCBI je špičková odborná databáze z oblasti biomedicínských věd. Ve srovnání s obecně zaměřeným ChemWebem není NCBI tak rozsáhlá co do šířky pokrytých témat, nicméně v oblastech, kterými se zabývá, lze nalézt ty nejfundovanějží informace - má vysokou úroveň specializace.

Přístup: Základní služby jako je vyhledávání apod. jsou volné, stejně jako plné texty článků ve vybraných časopisech.

Design: Celkově na velmi slušné úrovni, stránky jsou ovšem extrémně úzce formátovány, takže při větším okně vypadají podivně. Zmenšíme-li písmo na 80 %, situace se zlepší, pouze rámeček s vyhledáváním je příliš velký. Nicméně to se všeobecně týká mnoha webových stránek, které jsou často nesourodé. V negrafických browserech se před textem zobrazuje příliš mnoho zbytečností.

Celkové hodnocení: NCBI je základním informačním zdrojem pro odborníky na poli biomedicínských věd. I z hlediska designu se jedná o zdařilou stránku.
Obsah:
Forma:

ExPASy Molecular Biology Server

Obsahová charakteristika: ExPASy (Expert Protein Analysis System; www.expasy.org) je opět úzce specializovaná, tentokrát švýcarská databáze. Je zaměřena zejména na analýzu bílkovin a bioinformatiku a zde se zmíníme už jen velmi stručně o jejím obsahu a cílech. Po obsahové stránce ExPASy obsahuje kategorie:

• databáze proteinů (informace o jejich sekvenci, podjednotkách, trojrozměrné struktury, dvourozměrné proteinové mapy),
• nástroje a software pro analýzu bílkovin,
• velmi užitečný rozcestník na další databáze, vědecké instituce a internetové nástroje.

Hlavní odlišnost ExPASy oproti ChemWebu a NCBI je zejména v tom, že ExPASy není databází článků. Cílem tvůrců ExPASy totiž není poskytnout velké množství citací a abstraktů, ale naopak kompletní soubor moderních nástrojů ke studiu proteinů.

Přístup: Všechny databáze jsou volně přístupné, což se týká i většiny dostupného softwaru. Výjimkou jsou pouze některé programové balíky.

Design: Stránka má jednoduchý, strohý design. Po formální stránce jsou internetové stránky ExPASy v porovnání se stránkami ChemWebu či NCBI o poznání chudší, nicméně jsou však velmi přehledné. Není zde žádná hlavní lišta s odkazy, ale naopak jednotlivé odkazy jsou tematicky zařazeny, takže je možné je okamžitě navštívit bez zdlouhavého klikání. Jsou zde barevné rámečky pro zvýraznění, ale hovořit o designu webu by asi bylo přehnané. Jedná se jednoduché HTML z devadesátých let, které se bez problémů zobrazí stejně ve všech prohlížečích, forma je považována za nepodstatnou (konečně je poněkud roztříštěná). Protože ale ExPASy je určená pro odborníky v oblasti, není to velký problém.

Celkové hodnocení: ExPASy je odborná databáze, věnovaná rychle se rozvíjejícímu odvětví -- proteomice, a poskytuje uživatelům efektivní nástroje pro jejich analýzu.
Obsah:
Forma: