Pro studenty je na začátku studia výhodné, aby se naučili systematicky pracovat s použitou literaturou, vytvářet bibliografické soupisy a získali potřebný návyk správně citovat. Práce s odbornou literaturou by se pro studenty doktorského studia měla stát samozřejmostí a osvojenou dovedností, která jim pomůže vytvářet osobní databáze, orientovat se v nalezené a přečtené literatuře relevantní k jejich výzkumu. Takto vytvořená osobní databáze či kartotéka jim poté usnadní citování, které je významnou součástí publikačního procesu. To jak autor pracuje s citacemi, jak respektuje citační etiku, může ovlivnit přijetí nebo nepřijetí jeho příspěvku vydavatelem nebo pořadatelem konference. Každý vydavatel má svoje požadavky, které autor musí dodržovat, jedním z nich je i respektovaní stanoveného citačního stylu. Existují stovky citačních stylů, které se liší ve formátování, tvaru zápisu uváděných informací o použitém zdroji, a s tím se autor musí seznámit vždy před odevzdáním odborné publikace a požadované styl samozřejmě dodržet.

Co jsou citační manažery

Pro správu citací jsou vyvíjeny počítačové programy a webové služby. Jejich základním cílem je možnost pracovat se záznamy o dokumentech, publikacích a automatická tvorba citace podle zvoleného citačního stylu.  V české terminologii není název pro programy a webové služby určené na správu bibliografických záznamů jednoznačně ustálen, používá se označení citační manažer (Ansorge, 2013), citační software (Krčál, 2014), bibliografický manažer (Bibliografické manažery, c2015), manažer na správu citací a jiné varianty vycházející zejména z angl. reference manager, reference management system. Odborný slovník knihovnické terminologie TDKIV [4] pracuje s termínem citační manažer a ostatní označení uvádí jako ekvivalenty.

Funkce citačních manažerů

Citační manažery existují již více než 30 let[1], během kterých se z jednoduchých softwarů vyvinuly  komplexní systémy, které umožňují sofistikovanou práci nejen se záznamy, ale i s plnými texty. University of South Australia (Manage your references, c2015) v rámci svého online kurzu na téma práce s citačními manažery zobrazuje schéma (obr. 1), jak citační manažery fungují. Tyto funkce lze označit jako standardní, nabízí je většina citačních manažerů.

[5]
Obr. 1: Schéma fungování citačních manažerů

Vložení záznamů

Proces práce v citačním manažeru začíná vložením záznamu (Adding references). Tento krok se snaží producenti webových služeb a počítačových programů, co nejvíce zautomatizovat. Manuální vkládání dat tak bývá až poslední možností jak vložit záznam do vytvářené osobní databáze. Bibliografické a plnotextové databáze, elektronické knihovny nabízejí možnost exportu nalezených záznamů do citačního manažeru. Některé licencované databáze jako Web of Science, Scopus, IEEE umožňují přímý export do jimi preferovaného citačního manažeru. Přímým exportem je myšlen následovný způsob uložení záznamu, kdy po kliknutí na tlačítko, položku s názvem citačního manažeru je uživatel automaticky přesměrován do svého účtu a po přihlášení se exportovaný záznam uloží do osobní databáze uživatele. Tento způsob exportu je nejrychlejší a nejpohodlnější cestou pro získání záznamu do osobní databáze.

Pokud databáze neumožňuje přímý export do používaného citační manažeru, pak lze vyexportovat záznam v některém z nabízených formátů, uložit do souboru nebo schránky a poté naimportovat pomocí filtrů (Filters) do osobní databáze. Za univerzální metadatové exportní formáty lze považovat RIS (Research Information System) a BibTeX (v textovém procesoru LaTeX), které podporuje většina citačních manažerů a jsou nabízeny i v licencovaných databázích. Se záznamem mohou být importovány i údaje, které nejsou nutné k tvorbě citace, např. abstrakt.

Webové stránky bývají často citovaným a odkazovaným zdrojem, ale nenabízejí možnost exportu záznamu. Citační manažery proto umožňují vytváření záznamu z webové stránky pomocí pluginů do webového prohlížeče. Bývá k tomu využívána metoda ContextObjects in Spans (Bartling, c2014), kdy na základě vyplněných metadat v html kódu stránky nebo ze strukturovaných dat na webové stránce, plugin vyplní pole v bibliografickém záznamu (je potřeba kontrola úplnosti a správnosti záznamu). Citační manažery se snaží rozšířit možnosti a rozšiřují exportní můstky o filtry např. z Wikipedie, propojení s databází CrossRef [6], pokud má dokument přiřazeno DOI (Digital Object Identifier).

Některé citační manažery umožňují vyhledávání např. v knihovních katalozích ze svého pracovního prostředí. Jedná se o velmi jednoduché vyhledávání pomocí protokolu Z39.50 [7], případně podle jednotného identifikátoru DOI. Vyhledané záznamy lze naimportovat do osobní databáze.

Práce se záznamy v osobní databázi

Naimportovaný záznam obsahuje informace o dokumentu potřebné pro vytvoření citačního záznamu. Vždy záleží na zdroji exportu a zvoleném exportním formátu. Problematické jsou vždy právě webové stránky, které nemusejí mít vyplněná metadata ve zdrojovém kódu nebo strukturovaná data v textu. V pracovním prostředí citačního manažeru v osobní databázi (Bibliographic management database) je možné dodatečně upravit záznam, zkontrolovat údaje (Check references), vložit poznámky. Vždy lze vyexportovat celou osobní databázi, a tím si uložené záznamy zálohovat, nebo naimportovat do jiného citačního manažeru.

Citační styly

Kvalita záznamu (vyplnění všech povinných polí) ovlivňuje výslednou podobu citace. Citační manažery nabízejí od desítek po stovky citačních stylů, do kterých lze uložené záznamy vyexportovat. Někdy mohou i sami uživatelé citační styl upravit nebo vytvořit nový a dát ho k dispozici i ostatním. Automatizovaně formátovat citace v textu a bibliografické citace umožňuje programovací jazyk CSL [8] (Citation Style Language ) podporovaný některými citačními manažery (Ansorge, 2013).

Použití citačních stylů

Podoba citace se různí podle typu dokumentu. Vkládání citací není omezeno typem dokumentu. Vygenerovanou citaci lze použít (Using references) například v článcích, knihách, závěrečných pracích. Řada citačních manažerů nabízí i propojení s textovým editorem. Tato funkce pak velmi ulehčuje práci při psaní odborného textu. Do textového editoru se naimportuje plugin (doplněk) citačního manažeru, který propojí vaší osobní databázi s procesorem, a poté se jednoduše vkládají odkazy na citace do textu. Ocitované práce se poté automaticky vygenerují jako seznam použité literatury na konci textu. Použitý citační styl v dané práci lze kdykoliv změnit.

Rozšiřující funkce citačních manažerů

Gilmour a Cobus-Kuo (2011) doplňují funkce, které současné citační manažery umožňují:

• Import záznamů z bibliografických databází a webových stránek
• Získání metadat z PDF souborů
• Organizace záznamů v citačním manažeru
• Možnost vkládání anotací k záznamům
• Možnost sdílení vytvořené citační databáze nebo její části s kolegy
• Možnost vyexportovat záznamy ve standardních metadatových formátech (např. RIS, BibTeX)
• Vygenerování citací v různých citačních stylech
• Možnost propojení s textovým procesorem

V tomto výčtu jsou uvedeny jako základní funkce import záznamů a jejich organizace, generování citací v různých citačních stylech, exportování záznamů do metadatových formátů a propojení s textovým procesorem. Další zmiňovanou funkcí získání metadat z PDF souborů umožňují pouze některé citační manažery (například Mendeley, Zotero).  Pro některé vědecké týmy začíná být možnost sdílení záznamů nebo plných textů důležitá. Současným trendem, kterým vývojáři rozšiřují funkce svého citačního manažeru, je přikládání příloh k záznamům a práce s plným textem. 

Výběr citačního manažeru

Volba citačního manažeru záleží vždy na požadavcích a potřebách konkrétního vědce nebo studenta. Na základě poznatků z mých konzultací pro jednotlivce i vědecké týmy na ČVUT[2] byla vytvořena sada otázek, které mohou ovlivnit výběr citačního manažeru.

Jaký citační styl většinou používáte?
Jaký textový procesor používáte?
Který informační zdroj, databázi, elektronickou knihovnu, nejčastěji využíváte?
Budete potřebovat sdílet citace případně plný text s kolegou?
Jaký způsob přístupu k záznamům preferujete - lokálně uložené v počítači, nebo stačí webový přístup?
Je pro vás důležité ukládat si se záznamem i plný text a pracovat s ním?

Odpovědi na tyto otázky ujasní začínajícím uživatelům jejich potřeby a očekávání od citačního manažeru. Stanovení požadavků umožní uživatelům určit, jaká funkce citačního manažeru je pro ně prioritní. Jak již bylo řečeno, na výběr je řada služeb, které se liší možnostmi v importech záznamů, počtem nabízených citačních stylů, možností vkládat přílohy, pracovat s plnými texty a sdílet záznamy.

Na výběr jsou volně dostupná i komerční řešení. Volně dostupné citační manažery většinou fungují na omezené kapacitě osobní databáze, po jejím překročení je jim nabídnuto dokoupení většího prostoru. Pro univerzity a vědecká pracoviště bývá nabízen institucionální přístup.

Citační manažery jsou dostupné v různých variantách jako webové služby nebo samostatný software k instalaci, případně jako doplněk do webového prohlížeče. Většinou bývá k instalovanému programu k dispozici i webový účet, kde jsou automaticky synchronizovány záznamy z osobní databáze, tak aby data byla uživateli vždy k dispozici. S rozvojem tabletů a mobilních zařízení jsou podporována i tato zařízení. Jsou nabízena cloudová řešení, kdy má uživatel citačního manažeru k dispozici přístup ke své osobní databázi z různých zařízení.

Využívání citačních manažerů

V rámci průzkumu, který probíhal od prosince 2013 do dubna 2015 mezi studenty doktorského studia, byly kladeny i otázky na používání citačních manažerů. Dotazníkový průzkum probíhal v rámci seminářů a výuky na ČVUT, Masarykově univerzitě, VUT, Mendelově univerzitě v Brně. Bylo získáno 75 odpovědí. Citační manažer používá 51 % doktorandů ze zaslaných odpovědí a 49 % citační manažer nepoužívá. Pořadí nejpoužívanějších citačních manažerů, které studenti používají je: CitacePro (16), Proquest FLOW (10), RefWorks (8), Zotero (5), Mendeley (3), Endnote Basic (2), jiný (4). Výběr citačního manažeru je zjevně ovlivněn tím, co daná škola pro své zaměstnance, studenty zpřístupňuje. CitacePro byly dostupné v průběhu průzkumu na VUT Brno, FLOW a RefWorks na ČVUT.

Tyto výsledky odpovídají i poznatkům z kurzů vedených pro doktorandy na ČVUT. V kurzech studenti zmiňují také citační manažer Jabref, hlavně kvůli jeho podpoře textového procesoru LaTeX, který je hojně využíván v technických oborech.

Porovnání citačních manažerů

Pro výběr citačního manažeru je vhodné seznámit se nejdříve s funkcemi, které nabízí. Existuje řada webových stránek, kde jsou různá srovnání citačních manažerů, např. v rámci projektu MediaTUM [9] Technické univerzity v Mnichově, v rámci návodů na University of Oxford [10] nebo pravidelně aktualizovaný seznam na Wikipedii [11].

V tomto článku byly vybrány k porovnání funkcí a možností citačních manažerů služby zmiňované v dotazníku.

CitacePRO

CitacePRO [12] je český komerční citační manažer, který se vyvinul z generátoru citací a později i jednoduchého citačního manažeru Citace.com. Účet v Citace.com je stále nabízen zdarma, ale při zakoupení přístupu do CitacePRO je k dispozici řada funkcí navíc. Pro instituce je nabízen licenční přístup a další funkce jako propojení s discovery systémem, zobrazení citací v knihovním katalogu, vytvoření jednoduchého portálu pro zobrazení vybraných záznamů. Přímý export záznamů do CitacePRO nabízí databáze EBSCOhost. CitacePRO nabízí vygenerování citací podle normy ČSN ISO 690, ale i do dalších citačních stylů. Záznamy lze opatřovat vlastními poznámkami, klíčovými slovy, anotacemi, přikládat plný text. Export záznamů je možný také do MS Word, PDF a TEX. Záznamy lze sdílet.

EndNote Basic

Producent Thomson Reuters vyvíjí vlastní komerční systém na správu citací EndNote [13], který je dostupný jako desktopová verze pro PC, a dále jako aplikace pro mobilní zařízení. Předplatitelé mají k dispozici i webový účet, který je pod názvem EndNote Basic[3] nabízen v rámci konsorciálního přístupu k citační databázi Web of Science. Služba nabízí snadný způsob importu záznamů a následného exportu do zvoleného citačního stylu. Přímý export je možný např. z databází producentů Web of Science, Highwire Press, Ovid, OCLC, ProQuest. K záznamům lze přikládat plné texty. Dokumenty ve formátu PDF lze prohledávat a jsou z nich automaticky extrahovány základní bibliografické údaje. Velkou výhodou je propojení EndNote s citačním rejstříkem Web of Science. U uložených záznamů se pak zobrazuje dynamický odkaz Times Cited z Web of Science a tím je možné získat aktuální citační analýzu. EndNote dále nabízí uživateli propojení záznamů s profily odborníků ResearcherID [14], kde mohou sdílet svoji publikační činnost a získávat citační analýzy v rámci ResearchID.

Mendeley

Volně dostupná služba Mendeley [15] kombinuje citační manažer a sociální síť. V roce 2012 byla služba Mendeley koupena společností Elsevier. Díky tomu má uživatel možnost přímých exportů z licencovaných databází Science Direct a Scopus patřící právě producentovi Elsevier. Mendeley je k dispozici jako desktopová aplikace, zároveň je uživateli založen webový účet. Existuje aplikace pro mobilní zařízení. Silnou stránkou Mendeley je práce s PDF dokumenty, které lze opatřovat poznámkami, anotovat, prohledávat. Z PDF dokumentů se automaticky extrahují metadata k vytvoření záznamů. Citační manažer Mendeley umožňuje export do metadatového formátu BibTeX. V prostředí Mendeley jsou zobrazována klíčová slova autorů článků, podle kterých lze zobrazují záznamy s podobným tématem. Záznamy lze opatřovat poznámkami. Zajímavé je propojení Mendeley jako citačního manažeru a sociální sítě. V rámci sociální sítě Mendeley jsou uživateli nabízeny odkazy na další podobné výzkumy, nejčtenější články a autory z oboru. Uživatelé si mezi sebou sdílí záznamy i vytvořené citační styly. Může se připojit k odborným skupinám a sledovat nové dění v oboru. V systému lze vyhledávat profily, odborné články a odborné skupiny. Uživatel má kontrolu nad tím, co chce dál zveřejnit.

Proquest FLOW

Citační manažer Proquest FLOW [16] je novou komerční službou společnosti Proquest, který více zaměřuje na práci s plnými texty. Akademičtí pracovníci si mohou založit i účet zdarma, ale nemají k dispozici všechny funkce, např. doplněk do MS Word na automatické vkládání citací do textu. FLOW je dostupný jako webová služba. V prostředí FLOW se dá dobře pracovat s plnými texty, do kterých lze vkládat poznámky. Je umožněno pracovat společně nad jedním dokumentem s ostatními členy týmu, pokud je záznam s plným textem sdílen. K přímým exportům z licencovaných databází používá FLOW stejné propojení jako RefWorks (viz níže). Z některých licencovaných databází se automaticky se záznamem stahuje i plný text článku.

RefWorks

RefWorks [17] je komerční webová služba firmy RefWorks-COS patřící do skupiny společnosti Proquest.  RefWorks se více zaměřuje na citační management. Nabízí řadu funkcí usnadňující import záznamů do osobní databáze. K záznamům lze přikládat několik příloh, práce s plným textem není umožněna. Adresáře lze sdílet s kolegy, i když nemají zaplacený přístup k RefWorks. Záznamy do sdíleného adresáře může vkládat pouze jeho vlastník, ostatní mohou jednotlivé záznamy komentovat. Zajímavou funkcí je možnost vytvoření RSS kanálu k jednotlivým adresářům, který informuje o nově přidaných záznamech. Službu RefWorks lze použít i jako čtečku RSS kanálů. Kliknutím na odkaz v záznamu dokumentu se zobrazí základní údaje o autorovi jako adresa, instituce, e-mail.  RefWorks úzce spolupracuje s ostatními producenty jako BioOne, EBSCO, Elsevier, HighWire, H.W. Wilson, OCLC, Ovid a Serial Solutions. Silnou stránkou RefWorks jsou přímé exporty záznamů z licencovaných databází.

Zotero

Volně dostupná služba Zotero [18] (vyvíjena v Roy Rosenzweig Center for History and New Media [19], George Mason University, USA) původně existovala jako doplněk do prohlížeče, nyní je k dispozici desktopová verze i aplikace pro mobilní zařízení. Existuje česká mutace služby. Uživatelé mají k dispozici webový účet, který se automaticky aktualizuje. Základní účet je zdarma, po překročení velikosti uložených dat 300 MB, lze službu stále používat, ale webový účet není aktualizován. Je nabízena i licence pro instituce. V rámci webového účtu si uživatel vytváří svůj profil a je zařazen do sociální sítě. Přímé exporty záznamů z licencovaných databází nejsou nabízeny, ale dobře funguje vytvoření záznamu z údajů, které Zotero vyhledá na prohlížené webové stránce.  Zotero nabízí jedinečnou funkci zkopírování obrazovky celé webové stránky (snapshot). Tento snímek lze přiložit ke staženému záznamu, a tak archivovat aktuální stav prohlížené webové stránky, případně se vrátit ke stránce bez připojení k internetu. Zotero umožňuje stažený snímek opatřovat poznámkami. Ke stahovanému záznamu je automaticky přikládán i plný text, pokud je k dispozici. Jednotlivé záznamy lze opatřovat vlastními štítky (klíčovými slovy) a poznámkami, které lze prohledávat. Takto lze vytvořit dobrý systém na popis stažených záznamů.  

Vybrané funkce citačních manažerů uváděných v tom to článku jsou shrnuty v tabulce č. 1.

Tab. 1: Porovnání citačních manažerů

Z uvedeného porovnání a popisu jednotlivých citačních manažerů je patrné, že služby nabízí podobné funkce. Značné rozdíly jsou právě v tom, na co se která služba zaměřuje a na kterou z nabízených funkcí klade větší důraz při vývoji.

Závěr

Současné citační manažery jsou mocné webové služby a softwary, které se vyvinuly z jednoduchých služeb na podporu tvorby citací do komplexních systémů na správu bibliografických záznamů i plných textů. Zajímavý je jejich přesah do sociálních sítí, kde uživatelé mohou mezi sebou sdílet záznamy a další informace. Z porovnání nabízených funkcí je patrné, že neexistuje jedna univerzální služba. Každý uživatel, student, který začíná se svou publikační činností, si musí stanovit, jakým způsobem bude pracovat s literaturou a prameny. Tak si stanoví prioritní funkce, které očekává od citačního manažeru. Citační manažery velmi ulehčují práci s literaturou, citování v textu a tvorbu citací. Může být proto překvapující, proč se nestaly běžným nástrojem pro práci s literaturou pro studenty doktorského studia, jak se ukázalo v průzkumu a je potvrzováno i v praxi během výuky. Lze usuzovat, že zde se otevírá velký prostor pro pedagogy, knihovníky, aby poskytli studentům při zefektivnění práce s citacemi a literaturou.