Tak jako jiné národní kulturní instituce zabezpečoval i Státní ústřední archiv pomoc při záchraně povodní zasažených hodnot, především dokumentů - archiválií. Organizace prací započala dne 13. srpna 2002, kdy se situace v Praze ukázala jako velmi kritická. Již dopoledne se jeden pracovník SÚA podílel na evakuaci archivu Ministerstva dopravy a spojů. Bylo rozhodnuto o co nejrychlejším publikování pokynů pro práci s dokumenty zasaženými povodní. Tyto pokyny byly připraveny k zveřejnění 14. srpna - využilo se rozpracovaného grantu MV ČR, jehož nositelem je SÚA. Pokyny byly bezprostředně publikovány na Internetových stránkách SÚA, které změnily svůj vzhled na "krizový". Rozmnožené pokyny pracovníci předávali při osobních konzultacích nebo je využívali při telefonickém styku s postiženými institucemi a jednotlivci.
Vzhledem k nutnosti zmrazit zasažené dokumenty, bylo dojednáno s firmou METRANS poskytnutí mrazicích kontejnerů (nakonec nevyužito).
Ve čtvrtek 15. srpna se díky Městské knihovně v Praze podařilo zajistit mrazírenské kapacity v Mochovských mrazírnách, a.s. Zařízení služeb pro MV ČR zajistilo pracovníkům SÚA do terénu holínky, rukavice a desinfekční prostředky. Dne 15. srpna byly zřízeny krizové linky, které obsluhovali pracovníci sekretariátu ředitelky SÚA a dr. Linhartová z Archivní správy MV. V 18.34 byla ČTK zaslána (po konzultaci s Archivní správou MV) první tisková zpráva:

Katastrofální povodně v České republice způsobily a ještě působí obrovské škody na národním kulturním dědictví. Zatopeny byly také archivy a spisovny v suterénních prostorách ministerstev dopravy a zemědělství; pod vodou jsou archiválie Vojenského historického archivu, Archivu akademie věd, České filharmonie, Českého statistického úřadu aj. Rozsah škod lze počítat již na běžné kilometry (tj. desetitíce regálových polic) unikátních a nenahraditelných dokumentů.
Téměř jediná možnost záchrany těchto dokumentů je urychlené zmrazení a odborné restaurování. První pomoc pro zatopené archivy poskytuje Státní ústřední archiv v Praze, který spolu s Archivní správou ministerstva vnitra koordinuje práce. Jedná o pomoci ze zahraničí. Podrobné informace k záchraně knihovních a archivních fondů jsou k dispozici na internetových stránkách Státního ústředního archivu: www.mvcr.cz/archivy/.
Žádáme všechny úřady (zejména ústřední), firmy, archivy a jiné organizace, aby urychleně sdělily rozsah škod: množství zaplavených archiválií v běžných metrech a jejich stručný popis na kontaktní adresu e-mail: sua10@mvcr.cz, tel.: 614 47 292 (Státní ústřední archiv) nebo 614 35 071, 614 35 080 (archivní správa, dr. Linhartová).
Státní ústřední archiv + Archivní správa MV ČR, 15.8.2002

V sobotu 17. srpna pak zajišťovala telefonické spojení sama ředitelka SÚA. Zaměstnanci SÚA dali k dispozici svá soukromá telefonní čísla, sami také ze svých mobilů organizovali práce a poskytovali rady. Také různé útvary ministerstva vnitra poskytly zejména organizační pomoc.
Postupně se podařilo vybudovat databázi kontaktů na krizové štáby, zasažené instituce a firmy či jednotlivce, nabízející pomoc. Tyto kontakty pak byly masivně využívány při záchraně dokumentů v terénu. Je ovšem škoda, že archivy do krizového řízení nejsou vůbec zapojeny, takže mnohé úkony nesly stopy improvizace.
Záchranné práce začaly ihned po opadnutí vody v pátek - na Městském soudu v Praze-Tróji a na Ministerstvu zemědělství. V sobotu 17. srpna se pracovníci SÚA - dobrovolníci - vydali právě na Ministerstvo zemědělství. Do SÚA bylo převezeno 9 bm vodou nezasažených spisů tzv. zbytkových statků z 2. pozemkové reformy. V 7.48 byla zaslána ČTK druhá "povodňová" zpráva, žádající o zapůjčení zeleninových přepravek a kapacit autodopravy.
Největší část "boje o čas", který poničeným dokumentům tak chyběl, začala v pondělí 19. srpna. To již do SÚA dorazila zásilka 40 tisíc pytlů z Fatry Napajedla, která pak umožnila pokrýt téměř veškeré potřeby.
Pokračovaly práce na ministerstvu zemědělství, rozběhla se záchrana na ministerstvech dopravy a spojů, průmyslu, na České filharmonii v budově Rudolfina. Zaměstnanci SÚA pomáhali nejen organizačně, ale i fyzicky. Bohužel, jediný stařičký nákladní automobil SÚA se rozbil. Dopravu obětavě a zdarma zajišťovala vězeňská služba, vytopeným institucím pomáhali i odsouzení a vojáci.
Zasažené dokumenty byly v asi deseticentimetrových svazcích postupně omyty vodou a baleny do plastikových pytlů a odváženy do Mochovských mrazíren.
Pracovníci oddělení fyzické ochrany fondů mezitím objížděli postižené instituce a prováděli biologické rozbory zasažených dokumentů. Dosud se účastní jednání o technologickém řešení záchrany nyní zmražených dokumentů.
SÚA okamžitě zastavil desinfekci vlastních archiválií a desinfekční linku dal k dispozici postiženým. Náklady na desinfekci činí 17 tisíc Kč denně. Stejně tak povodní nezasažené archiválie z devastovaných prostor jsou k uložení (i dočasnému) odváženy do SÚA, kde je pro ně vyhražena část karanténního podlaží.
Na internetových stránkách SÚA byly, jsou a budou průběžně aktualizovány povodňové informace (o zasažených dokumentech, o jejich záchraně apod.). Na této činnosti se podílí i webové pracoviště Odboru tisku a public relation MVČR. Publikované fotografie byly pořízeny soukromými i služebními fotoaparáty; za zapůjčení jednoho z nich si poděkování zaslouží Odbor bezpečnostní politiky MVČR.

Zvláštní poděkování patří osobám, institucím a firmám, jež se rozhodli poskytnout účinnou pomoc. Současně se omlouváme těm, které zde nejmenujeme, protože v době povodní jsme nestihli zaznamenat všechny kontakty. Prosíme, ozvěte se, rádi bychom i Vám veřejně poděkovali: